有机氟化学从诞生起一直和社会需求紧密地联系在一起, 社会对有机氟化合物和含氟材料的需求推动了有机氟化学学科的发展。我国有机氟化学研究始于20世纪50年代末，当时为了满足国防建设和国民经济发展的需要，提出了任务带科学的口号。20世纪70年代末仅中国科学院上海有机化学研究所才真正意义上开始进行有机氟化学的基础和应用基础研究。经过前后三代人40余年的奋斗，中国科学院上海有机化学研究所已经成为国内有机氟化学基础和应用基础研究的重要基地，已形成了一支老中青相结合、国内独一无二的氟化学研究队伍。上海有机所的氟化学研究被国外学者称为“上海氟化学”。

       我国是一个“氟”大国，莹石(CaF2)的储量占世界的1/3，是世界上莹石最大的生产国和出口国。近年来，国家考虑到莹石是战略物质，对它的出口进行了限制。目前，我国大部分氟产品生产企业没有研发队伍，一些技术含量高的含氟材料需从国外进口。

       为了充分利用我国的氟资源，促进我国的氟化学研究和氟化学工业的国家竞争力，为我国国民经济和国家安全所需的含氟化学品和和含氟材料提供技术源泉，同时整合上海有机化学研究所的有机氟化学研究力量，上海有机化学研究所自筹经费于1998年6月建立了“中国科学院上海有机化学研究所有机氟化学开放实验室”。上海有机化学研究所一直将有机氟化学和含氟材料作为所的重要研究方向之一，在上海有机所二期创新的六大项目中，其中二项是有机氟化学和含氟材料的研究课题。同时，有机氟化学的研究已渗透到上海有机化学研究所的主要学科中（如：生命有机、有机合成和金属有机等）。根据中国科学院新时期的办院方针和学科布局，以及上海有机化学研究所有机氟化学的研究基础和队伍，中国科学院于2002年12月批准成立了“中国科学院上海有机化学研究所有机氟化学重点实验室”。实验室在全国化学类国家重点实验室的评估中，被评为良好。